《时逆》的故事发生在地球，但是是在约1000年之后的未来世界。在人类发展的过程中，能源被不断消耗，在即将能源枯竭的紧要关头，人类发现了全新的能源——“源力”，它拥有近乎无限的能量，同时不造成污染，为了研究使用它的方法，人类建立了研究源力的实验室，并不断扩张，最终落成了要塞都市——“巴比伦”。

然而在这个掌握了“源力”就掌握了力量的时代，为了争夺源力的使用方法，围绕着巴比伦城的一场百年大战就此开始，国家的概念逐渐消亡。而一部分掌握了源力的高级使用方法的人们脱离了地面，自封为“神”，前往被他们称为“神域”的宇宙空间站生活。

但是神的生活也并非风平浪静，来到神域的神们无法统一他们的意见，一部分人认为应该与“人类”共存，分享源力来换取日常消耗品。另一部分认为应该支配“人类”，来获得无穷无尽的资源。最终一部分支配派重新组建了新的组织“暗影人”，离开了神域。他们回到地表并且占领了源力的泉眼——“虚谷”，在“虚谷”的入口建造了城市，并命名为“里世界”。

而人类，经过数百年的战争之后终于团结在了一起，建立了人类的国家“瓦伦帝国”。并将公元3000年起的纪元命名为“E纪元”，并成立了与暗影人战斗的“联军”，将联军总部设立在“斯德联邦”，并将人类与神进行源力交易的地方单独划出，命名为“蓝城”。

自此，人、神、暗影人三方的战争的新篇章正式拉开了序幕。